1、效率较低
虽然今天已有许多改进，但由于其内部密封性不好和高气流速度， 螺杆空压机的等温效率，比同等功率的活塞式空压机低。对于干式螺杆空压机，转子齿型的不密性增大，会导致温升骤升。 因为只有高转速螺杆空压机， 才具有良好的相对密封性，所以也只有高转速的于式螺杆空压机才是运转可靠的。
2、转子支承要求高
基于高的转速和很小的间隙，无论是喷油式机器所用的滚动轴承或大型干式机器所用的滑动轴承，都必须精工制作。在喷油冷却的机器中，转子所产生的轴向推力，往往用一个由压力油加载的平衡活塞来部分地加以补偿。
3、噪声较高
干式螺杆空压机噪声高，照例须附带有特殊的吸气及排气消音器，以便将放射的声能保持在允许限度之内。 由于频谱的特性 （高频成分占优势），采用隔声罩壳，螺杆空压机的噪声问题一般比活塞式空压机的好处理些。
4、转子制造复杂且价格贵
螺杆空压机转子必须高精度加工，为此所需的工具和机床价格十分昂贵。 由于齿廓形状复杂。故配对的每个转子均需用独用的铣刀加工。 转子配对也不能随便组合， 而应选配， 以便获得良好的配合，所以损环的空压机转子常常是成对地调换。此外，转子对热胀和弯曲很敏感。
螺杆空压机的维修和装配工作需要极其小心， 按例只能由受过专门训练的人员进行。此外，出故障的压缩机常常整套更换。
